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生物醫農類
B1植物學
B2動物學
B3生物學之生化及分子生物
B4農藝及園藝
B5森林、水保及生態
B6植物保護
B7食品及農化
B8漁業
B9農機及農工
B0土壤及環保
BA畜牧及獸醫
BB解剖、病理及法醫
BC生理
BD藥理及毒理
BE醫學之生化及分子生物
BF公共衛生及環境醫學
BG營養
BH藥學及中醫藥
BI微生物及免疫學
BJ寄生蟲學、醫事技術及實驗診斷
BK護理
BL醫學工程
BM復健科
BN牙科
BO神經內科
BP小兒科
BQ血液科、腫瘤科、風濕免疫及感染科
BR婦產科及泌尿科
BS心胸內科
BT腸胃內科
BU耳鼻喉科、眼科、皮膚科及整型外科
BV腎臟科、新陳代謝及內分泌
BW麻醉科
BX神經外科
BY心胸外科
BZ一般外科
B(精神科
B)家庭醫學科
B+放射線科及核子醫學科
B-身心障礙輔助科技(生物處)
B*生物多樣性
B#骨科
B@基因體醫學國家型計畫
B$生技製藥國家型計畫
B%農業生技國家型計畫
B&SARS專案研究

自然科學類
M1統計
M2數學
M3物理
M4化學
M5地球科學
M6大氣科學
M7海洋科學
MN奈米國家型計畫

科學教育類
S1數學教育
S2科學教育(一)(科學課程、學習、與評量)
S3科學教育(二)(科學教學與教師)
S4資訊教育
S5應用科學教育
S7醫學教育
S8數理特殊教育
SF大眾科學教育
   
工程技術類
E1機械固力
E2機械熱流
E3化學工程
E4造船工程
E6微電工程
E7醫學工程
E8金屬及陶瓷材料工程
E9食品工程
EA資訊學門一領域(
（1）計算機結構與作業系統
（2）程式語言與軟體工程
（3）計算機網路
（4）計算理論與演算法
（5）平行與分散處理
（6）資訊安全
（7）系統模式化與模擬
（8）自由軟體)
EB資訊學門二領域(
（9）影像與圖形辨識
（10）自然語言處理與語音處理
（11）人工智慧
（12）計算機圖學
（13）資訊系統管理
（14）資料庫系統與資料工程
（15）生物資訊
（16）Web 技術
(17)量子計算)
EC能源科技
ED環境工程
EE光電工程
EF高分子
EG工業工程與管理
EH生產自動化技術
EJ航太工程
EK海洋工程
EL電力工程
EM控制工程(不含自動化)
EN土木工程(結構、材料、營建)
EO土木工程(水利、大地、生態工程)
EP土木工程(交通、測量．建築)
EQ電信(微波、通訊、網路、訊號處理)
ER電信國家型計畫(無線通訊、寬頻網路、B3G、應用服務)
EU半導體與平面顯示器製程設備（限專案整合型）
EV身心障礙輔助科技(工程處)
EW晶片系統國家型計畫
EX跨領域

人文及社會科學類
H1文學(一)(中國文學、台灣文學、原住民文學等等)
H2文學(二)(外國文學)
H3語言學（語言學、語言教學）
H4歷史學
H5哲學
H6管理一「財務及會計組」 (財務、會計)
H7管理二 (生管、交管、行銷、資管、數量方法與作業研究應用)
H8教育學
H9藝術學
HA體育學
HB圖書資訊學
HC心理學
HD法律學
HE政治學
HF經濟學
HJ社會學、社會福利與工作
HK傳播學
HL人類學
HM區域研究及地理(人文地理、交通運輸、休閒遊憩、地政、建築與都市設計、都市及區域、景觀學、環境與資源管理)
HN性別研究
HO文化研究
HP宗教研究
HQ身心障礙輔助科技(人文處)
HT人文社會經典譯注
HU人文社會專書寫作計畫